魔術協会
国籍・ジャンルを問わず魔術師たちによって作られた自衛・管理団体。魔術を管理し、隠匿し、その発展を使命とする。（無論、名目上ではある）
外敵（教会、自分たち以外の魔術団体、禁忌に触れる人間を罰する怪異）に対抗するための武力と、魔術の更なる発展（衰退ともいう）のための研究機関を持ち、魔術犯罪の防止法律を敷く。
一般社会で魔術がらみの事件を起こしたものは処刑されるが、「正義」「道徳」ではなく、「神秘の漏洩」を防ぐことがその最大の目的。
アトラス院は特に徹底されているが、魔術師は己の研究を公表することはなく、魔術師同士の研究の交流などというものはない（交流などというもがあるとすれば、それは世俗的な権力闘争くらいである）。隣り合った研究室を持つ魔術師同士が、互いが何を研究しているのか知らないなんてことは当たり前。
魔術の研究は一人でするものであり、協会による束縛を嫌う魔術師も勿論いるが、大半の教本と、魔術の実践に適した歪みを抱えている霊地は、協会が押さえている。魔術を学ぶには最高の環境であり、自分の研究こそが最優先の魔術師にとって、それらの魅力は何物にも代え難い。名目上、支配者ではないことを標榜する協会は辞めることは自由だが、そんなことを考える魔術師はそうそういない（封印指定でも受ければしかたないが）。
聖堂教会とは表向きは不可侵であるが、裏では記録に残さないことを条件に現在も殺し合いが続いている。
また、中東圏の魔術基盤、及び大陸（中国）の思想魔術とは互いに相容れず、やはり不可侵を装っている。加え、西洋魔術を扱う魔術協会では呪術は学問ではないとされて蔑視されており、中東圏に大きく遅れをとっている。
EXTRA 世界では神秘の崩壊によってかつての繁栄は見る影もなく、西欧財閥に「危険思想を持った反社会的集団」として処分されてしまった。「貴族」と呼ばれた者たちも悉く滅んでいるが、レジスタンスに参加する者、逆に西欧財閥に取り入る者に分かれ魔術師そのものはまだ存在している。
時計塔
三大部門の一角。倫敦は大英博物館にある。
三大部門の中では最も新しく、設立は西暦元年。現在は魔術協会総本部とされる。しかし、時計塔が本部となって以後、他の二つとの交流は途絶えているらしい。
工房のほとんどは地下にあり、下へ行けばいくほど狂気度が増すダンジョンと化しているとか。
組織内部は権威主義の温床で、完全に腐敗しており、フラガのような新興の名門が座る(幹部の)椅子は何世紀も前から存在すらしない。
教育機関においてもそれは同様で、講師・生徒ともに血統の強さを重視する傾向が非常に強いため、ウェイバー・ベルベットは非常に苦労した。ウェイバーが苦労していたのは第四次聖杯戦争前後であるが、フラガ軽視からみるに、現在もその状況に変化はなさそうである。
博物館の最深部には封印指定をされた者を閉じ込める『橋の底』と呼ばれる特別区画があり、封印指定された魔術師たちが幽閉されている。
最高位の術者には色の名を冠した称号を与えており、最高位が三原色の『赤』、『青』、『黄』。そこから合成色の『橙』、『紫』、『緑』、『黒』と続き後者に行くほどランクが下がる。
魔術協会・特に時計塔を束ねる貴族を「ロード」と呼び、大貴族が三家、親族が二十ほど存在し歴史は五百年以上、バルトメロイ家に至っては二千年以上を誇る。
所属者
講師・ロード等の運営陣
- 院長
- 時計塔設立時から現在までその座にあり続ける、少なくとも二千年を生きている謎の人物。
- バルトメロイ・ローレライ
- ロードの一人。時計塔の院長補佐にして現・魔導元帥。
- ケイネス・エルメロイ・アーチボルト
- 講師。第四次聖杯戦争で死亡。
- ロード・エルメロイII世
- 講師。本人は未だ第四階梯止まりだが、優秀な弟子を多く輩出している。
「女生徒が選ぶ時計塔で一番抱かれたい男」など数々の異名を持つ。
封印指定執行者等の実務担当
- ミリョネカリオン
- 封印指定総与。詳細不明。特性は「繁栄」
- バゼット・フラガ・マクレミッツ
- 封印指定の執行者。
- フォルテ
- 協会屈指と言われる風使いにして、剣士。封印指定の執行や、奪われた魔術書の奪還といった荒事を担当。
学生・元学生
- 遠坂凛
- ED後、在学。
- ルヴィアゼリッタ・エーデルフェルト
- 在学生。
- フラット・エスカルドス
- 在学生。
- 沙条綾香
- 『氷室の天地 Fate/school life』の世界では一時的に在学していた。
- 蒼崎橙子
- 渡英した後ここに所属。封印指定を受け逃亡。
- コルネリウス・アルバ
- 蒼崎橙子と同期にて学ぶ。
- 荒耶宗蓮
- 蒼崎橙子と同期にて学ぶ。
- ダーニック・プレストーン・ユグドミレニア
- 講師を務めていたが、後に一族総出の大規模な離反を行う。
- フィオレ・フォルヴェッジ・ユグドミレニア
- 特に協会に不満などなかったのだが、ダーニックに引っ張り込まれる形で離反することになってしまった。
その他
- キシュア・ゼルレッチ・シュバインオーグ
- 魔法使い。元・魔導元帥。いまでもたまにふらっと顔を出す。
- 蒼崎青子
- 魔法使い。基本的に学院に縛られる存在ではないが、協会側から見れば目を離すことが許されない厄介者。時々、協会の依頼で仕事を請けたりもする。姉に協会の自分名義の口座から金をおろされたりしている。
- 「悪霊」ガザミィ
- 封印中の、とある魔術師の異名。協会における厄介事の一つ。
アトラス院
三大部門の一角。別名「巨人の穴倉」。
彷徨海
三大部門の一角。北欧を根城とする原協会で、その名の通り海上を彷徨い移動する山脈の形をしているという。別名「移動石柩」。
主に肉体改造を主軸としている。
所属者
- 宝石殺し
- 詳細不明。特性は「停止」
- フォワブロ・ロワイン
- かつては「彷徨悔の鬼子」と称された魔術師。現在は出奔。
その他
詳細不明。確たる説明がないが、下部組織・支部のようなものと思われるもの
- プラハの協会（錬金術が盛んらしい）
- シュポンハイム修道院（コルネリウス・アルバが次期院長になるとされた）
- トゥーレ協会（ルーン文字のオリジナルがあるらしい。橙子が学院時代を口にした時にちらっと出た名前）
目的・活動
第一に挙げられるのは根源への到達と神秘の秘匿。
研究
教育
封印指定
一代限りで、学術的に到達不可能な領域に至った魔術師に送る称号であり通達。
一生涯の幽閉を意味し、ホルマリン漬けの標本にされるようなものなので、これを受けた魔術師は大半が協会から離反する。
野に下った魔術師は大きく分けて「隠者」と「賢者」の二種に分けられる。魔術を隠匿し、血族のみに伝え学ばせる「隠者」
領地に引き篭もり、全力を以って魔術を極めようとする「賢者」
隠者には余程の才能でなければ追っ手はかからず、賢者にしても神秘の隠匿が成されている内は成果が出るまで放置される。